骨架跃迁
INFO
基于已知活性分子,探索更多潜在活性结构,实现骨架跃迁。
您可以在项目详情页点击相应卡片(如下图);或在任意功能页面,点击侧边栏相应选项,进入该功能(具体可见:提高效率小妙招)。
新建任务
点击右上角的 按钮,即可进入新建页面
通过以下几个步骤,即可开展一个骨架跃迁任务:
第一步:选择靶标口袋档案
您需要从事先建立好的靶标口袋档案中选择一个作为本次筛选的受体。如果您还没建立对应的档案,请先前往 靶标口袋发现与管理 功能,进行档案的建立。
第二步:输入待优化分子
您可以通过绘制工具绘制、直接输入小分子 SMILES、读取历史收藏小分子记录或上传小分子文件的方式输入参考小分子。
第三步:设置过滤参数
该步骤可跳过,开启后可限制生成分子的 MW、TPSA、LogP、HBA、HBD 等多项属性。
第四步:设置目标结果数量
该步骤用于设置最终输出时的 Top 范围大小,Top值越大,输出结果越多,但运算时长越长。
完成上述步骤后点击 按钮即可完成骨架跃迁任务建立。
查看任务记录
返回骨架跃迁功能的详情页面,即可看到历次建立的任务。您可以在这里查看已完成任务详情,或取消未完成的任务执行。
如果任务已经完成,您可在「操作」一栏点击 按钮进入该任务的结果详情页面。
平台支持以下功能,方便您进一步挑选、优化分子:
查看分子详情
您可在上图左侧的结果分子清单中,点击任一小分子图片右上角的 按钮,或双击分子图片进入该分子的详情页面。
我们为您提供分子属性预测、与参考分子对比、3D结合构象预测、配体-受体相互作用情况分析、结合位点分析、合成路径预测、风险结构示警等一系列功能,帮助您对化合物进行评价。更多相关信息请查看 各类分析工具。
此处可重点关注合成路径,其中所有原料分子均为可采购的分子砌块。
迭代式优化分子
您可以借助此功能或者尝试扩展活性结构,实现骨架跃迁;或者提高配体效率,优化指定基团。 点击分子卡片上的 按钮,进行进一步优化,一体机版本在此基础上支持结合湿实验数据的进一步模型训练。(具体优化方法可见相应模块介绍)