基团优化
INFO
优化指定基团, 定向提升化合物属性。
您可以在项目详情页点击相应卡片(如下图);或在任意功能页面, 点击侧边栏相应选项, 进入该功能(具体可见:提高效率小妙招)。
新建任务
点击右上角的 按钮, 即可进入新建页面
通过以下几个步骤, 即可开展一个 基团优化 任务:
第一步:选择靶标口袋档案
您需要从预先建立的靶标口袋文件中选择一个作为本次筛选的受体。如果您还没建立对应的档案, 请先前往靶标口袋发现与管理功能, 进行靶标档案的建立。
第二步:输入待优化分子
您可以通过输入小分子SMILES;读取历史收藏小分子记录;上传小分子文件或直接通过线上工具绘制的方式定义参考小分子。
第三步:选择优化基团
此处您需要通过选择键位的方式, 定义待优化基团, 待优化基团在选项中处于高亮状态。
第四步:设置目标结果数量
该步骤用于设置最终输出时的 Top 范围大小, Top值越大,输出结果越多, 但运算时长越长。
完成上述步骤后点击 按钮即可完成基团优化任务建立。
查看任务记录
返回基团优化功能的详情页面, 即可看到历次建立的任务。您可以在这里查看已完成任务详情, 或取消未完成的任务执行。
点击 按钮进入任务详情页面。
平台支持以下功能, 方便您进一步挑选、优化分子:
查看分子详情
在这里我们为您提供分子属性预测、与参考分子对比、3D结合构象预测、配体-受体相互作用情况分析、结合位点分析、合成路径预测、风险结构示警等一系列功能, 帮助您对化合物进行评价。(更多相关信息请查看 各类分析工具) 此处重点关注合成路径, 其中所有原料分子均为可采购的分子砌块。
迭代式优化分子
您可以借助此功能或者尝试扩展活性结构, 实现骨架跃迁; 或者提高配体效率, 优化指定基团。 点击分子卡片上的 按钮, 进行进一步优化, 一体机版本在此基础上支持结合湿实验数据的进一步模型训练。(具体优化方法可见相应模块介绍)