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片段生长

INFO

保留关键结构, 针对性提升活性与类药性。


您可以在项目详情页点击相应卡片(如下图);或在任意功能页面, 点击侧边栏相应选项, 进入该功能(具体可见:提高效率小妙招)。

新建任务

点击右上角的 按钮, 即可进入新建页面

通过以下几个步骤, 即可开展一个 片段生长 任务:

第一步:选择靶标口袋档案

您需要从预先建立的靶标口袋文件中选择一个作为本次筛选的受体。如果您还没建立对应的档案, 请先前往靶标口袋发现与管理功能, 进行靶标档案的建立。

第二步:输入待优化分子

您可以通过输入小分子SMILES;读取历史收藏小分子记录;上传小分子文件或直接通过线上工具绘制的方式定义参考小分子。

第三步:设置母核结构

此处会自动同步您输入的待优化分子, 您可以在此基础上通过使用线上工具进行绘制的方法设置本次任务需要保留的母核结构。请注意,当前算法暂不支持对环上结构、类Link结构的生长优化。具体生长位点的设置可见下图:

第四步:设置优化期望

默认优化活性、可合成性与类药性, 在此基础上可以进一步限制生成分子的 MW;TPSA;LogP;HBA;HBD 等多项属性。

第五步:设置目标结果数量

该步骤用于设置最终输出时的 Top 范围大小, Top值越大,输出结果越多, 但运算时长越长。

完成上述步骤后点击 按钮即可完成片段生长任务建立。

查看任务记录

返回基于母核优化功能的详情页面, 即可看到历次建立的任务。您可以在这里查看已完成任务详情, 或取消未完成的任务执行。

点击 按钮进入任务详情页面。

平台支持以下功能, 方便您进一步挑选、优化分子:

查看分子详情

在这里我们为您提供分子属性预测、与参考分子对比、3D结合构象预测、配体-受体相互作用情况分析、结合位点分析、风险结构示警等一系列功能, 帮助您对化合物进行评价。(更多相关信息请查看 各类分析工具)

迭代式优化分子

您可以借助此功能或者尝试扩展活性结构, 实现骨架跃迁; 或者提高配体效率, 优化指定基团。 点击分子卡片上的 按钮, 进行进一步优化, 一体机版本在此基础上支持结合湿实验数据的进一步模型训练。(具体优化方法可见相应模块介绍)